Les programmes sont conçus et mis en œuvre sous la supervision d'une organisation dirigeante qui sollicite la participation des parties intéressées de la région (ou au-delà). L'organisation dirigeante assure des synergies avec d'autres groupes thématiques, rassemble les ressources techniques nécessaires, et s'engage à mobiliser des ressources financières adéquates. L'organisation dirigeante facilite l'échange régulier d'informations entre les programmes afin d'assurer le partage des connaissances grâce à l'apprentissage mixte, et contribue ainsi à favoriser les progrès dans les politiques publiques dans la région.
Les organisations dirigeantes sont :
- L'Agence Française de Développement (AFD)
- La Banque Européenne d'Investissement (BEI)
- La Banque Mondiale
- La Caisse des Dépôts et Consignations (CDC)
- Le Forum Euroméditerranéen des Institutions de Science Economiques (FEMISE)
- Le Plan Bleu, Environnement et Développement Durable en Méditerranée
- Le Programme des Nations Unies pour le Développement (PNUD)